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因應東鐵快將轉換為 Trainguard MT (TGMT) 新信號系統，由韓國製造的R車會開始投入服務，並以混合車隊營運（Mixed Fleet Operation，簡稱MFO），現役由日本製造的SP1900列車（IKK列車）將會調往八鄉車廠進行改編，而由英國製造的中期翻新列車（MLR列車）亦會陸續退役及被運送往八鄉車廠處置，MLR列車的調線安排將主要分為三個階段。
第一階段（預計最早2020年6月起，大連機車、經紅磡3路進入西鐵路段）： 由於西門子機車本身肩負落馬洲支線及城際直通車的救援要職，而在MFO初期，只有兩輛西門子機車安裝了新信號系統 (TGMT)，因此在本階段會採用大連機車將MLR列車經紅磡3路進入西鐵路段運往八鄉。
第二階段（預計最早2020年10月起，西門子機車為主、經紅磡3路進入西鐵路段）： 當第四輛西門子機車已完成裝上新信號系統後，西門子機車亦可用作將MLR列車運往八鄉。
第三階段（預計最早2021年8月起，西門子機車為主、經大圍渡線進入屯馬綫路段）： 當屯馬綫全面通車後，現時的紅磡站2號月台及3號月台路軌上面將會建成五道臨時行人連接橋以方便乘客，屆時機車將MLR列車運往八鄉的路線會改為從大圍渡線進入屯馬綫路段，至新尖東隧道口返回原來路線。
* 預計最早開展日期僅供參考，隨時按MFO進度而有所更改。
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